В середине 70-х годов XX века исследователями Гарвардского университета (США) Алланом Максамом и Уолтером Гилбертом был разработан метод определения последовательности нуклеотидов, основанный на нуклеотид-специфичной химической деградации при обработке ДНК различными химическими агентами. Стоит заметить, что данная методика получила широкое применение в медицине и биологии. В литературе имеются данные, согласно которым, микробиота среднестатистического человека состоит из 10–100 трлн индивидуальных прокариотических клеток, относящихся к150–800 видам из 1 380–4 000 различных таксономических групп. Несмотря на высокую вариабельность микрофлоры кишечного тракта, в ходе последних метагеномных исследований удалось выявить существование всего трех стабильных типов кишечной микробиоты - Bacteroides, Prevotella, Ruminococcus, хотя по некоторым данным в 99% случает выявляются только два микроорганизма Bacteroidetes и Firmicutes. Язвенная болезнь желудка в настоящее время считается следствием жизнедеятельности бактерии Helicobacter pylori, пациенты проходят лечение антибиотиками. Для понимания этих процессов требуются дальнейшие детальные исследования, поэтому можно ожидать значительное увеличение количества метагеномных исследований микрофлоры ЖКТ уже в ближайшем будущем. Особый интерес вызывает работа Оренбургских ученых, которые исследовали материал, взятый из раны, в асептических условиях, при различных гнойно-деструктивных состояниях, с помощью метода молекулярной генетики. Полученные результаты весьма интересны: микробиологическое исследование зачастую не дает полный микробный пейзаж микроорганизмов, находящихся в материале, в то время как метагеномный анализ выявляет некультивируемые микроорганизмы. Однако, методика молекулярной генетики не дает 100% идентификации всех микроорганизмов, всегда имеется часть неизвестных (некультивируемых) микроорганизмов. Имеются данные о проведении метагеномного анализа материала мокроты, взятой у пациентов с внебольничной пневмонией. Считается, что основным возбудителем, выявленным в ходе бактериологического метода исследования является P.aeruginosa, однако, по полученным данным выявлены бактерии, относящиеся к 7 разным порядкам и 8 семействам. По количеству последовательностей в патологическом материале преобладали бактерии двух порядков: Pseudomonadales и Burkholderiales, представленность которых составила 88,3 и 8,5% соответственно. Большая часть из идентифицированных генетическим путем бактерий относится к малоизученным микроорганизмам. Некоторые из них, как, например, Herbaspirillum, больше известны в качестве представителей микрофлоры почвы или в связи с растениями. Сравнивая результаты изучения бактерий с использованием классических лабораторных методов и с помощью метагеномного анализа, можно заключить, что многие микроорганизмы не дают роста при стандартных лабораторных методах культивирования, а те микроорганизмы, выявленные с помощью метагеномного анализа определенно несут свою роль в развитии патологического процесса. В этих условиях антибиотикотерапия несет условный характер. Как отмечалось выше метагеномный анализ внедряется во все сферы медицины. Имеются данные о впервые в мире предпринятой попытке секвенирования генома членов семьи с наследственной формой болезни Альцгеймера. При изучении зарубежной литературы, выявлено более широкое использование метода молекулярной генетики в изучении заболеваний человека, в частности при заболеваниях ЖКТ. Так, например, имеется работа, в ходе которой получены данные, что у пациентов с антральным гастритом и пищеводом Баретта, помимо Helicobacter pylori, выявлены филы Bacteroidetes, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria, которые, возможно, выполняют определенную роль в развитии метаплазии пищевода. Так же, некоторые авторы утверждают, что при проведении метагеномного анализа выявляются неизвестные(не классифицируемые) микроорганизмы в микробиоте кишечника. На основе всего вышеизложенного можно сделать выводы: 1) Метагеномный анализ является наиболее точным методом идентификации микроорганизмов в моделях окружающей среды, позволяет выявить некультивируемые микроорганизмы 2) Рутинное бактериологическое исследование, зачастую, неэффективно и не показывает всего микробного пейзажа в исследуемом материале 3) Однако, метагеномный анализ не способен на 100% идентифицировать микроорганизмы 4) Методика молекулярной генетики способна осветить некоторые моменты патогенеза различных заболеваний человека 5) Необходимо более интенсивно исследовать различные патологические состояния пациента, с точки зрения метагеномного анализа, так как данный метод исследования является передовым и способен повлиять на пересмотр патогенеза некоторых заболеваний, а так же, проведение антибиотикотерапии.